Pada Tahun 1956 Kantor Imigrasi Balikpapan didirikan dengan status sebagai Kantor Cabang di bawah Kantor Imigrasi Banjarmasin. Setahun kemudian, tepatnya pada tahun 1957 statusnya berubah menjadi Kantor Imigrasi Balikpapan yang berdiri sendiri dengan wilayah kerja meliputi kota Balikpapan.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman R.I. Nomor: M.03-PR.07.04 Tahun 1991 tanggal 15 April 1991 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Imigrasi, wilayah kerja Kantor Imigrasi Balikpapan meliputi Kota Balikpapan dan Kabupaten Pasir. Kemudian sejak diberlakukannya Undang-Undang Nomor: 22 tahun 1999 tentang Otonomi Daerah, Kabupaten Pasir telah dimekarkan menjadi dua kabupaten, yaitu Kabupaten Tanah Paser dan Kabupaten Penajam Paser Utara, sehingga wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas I Balikpapan menjadi 1 (satu) kota dan 2 (dua) kabupaten.

Berdasarkan Peraturan Menteri Hukum Dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2018 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Kantor Imigrasi, Kantor Imigrasi Kelas I Balikpapan menjadi Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan yang membawahi Tempat Pemeriksaan Imigrasi di Bandar Udara SAMS Sepinggan Balikpapan dan Pelabuhan Laut Semayang Balikpapan.

Sejarah Kota Balikpapan sendiri tidak bisa dipisahkan dengan keberadaan hasil alam berupa minyak bumi, lebih tepatnya sejak pengeboran sumur minyak pertama yang dikenal dengan nama Sumur Minyak Mathilda pada 10 Februari 1897. Di awal tahun 1900-an bertambahnya jumlah penemuan dan pengeboran minyak membawa pendatang dalam jumlah besar untuk berdagang dan singgah di Balikpapan. Perkembangan industri minyak inilah yang telah membangun Balikpapan menjadi kota industri.

Hal tersebut menjadikan Kota Balikpapan sebagai tujuan yang menarik bagi investor asing untuk menanamkan modal dan berkegiatan di Kota Balikpapan. Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan hadir memberikan pelayanan bagi warga negara asing untuk menciptakan iklim invenstasi yang menyenangkan. Namun disisi lain keberadaan dan kegiatan orang asing tersebut perlu menjadi perhatian sehingga peran Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan dalam hal pengawasan menjadi sangat penting dan krusial demi tegaknya kedaulatan Negara Republik Indonesia.

Selain itu keberadaan Bandar Udara Internasional Sultan Aji Muhamad Sulaiman Sepinggan di Kota Balikpapan turut serta memudahkan arus keluar masuk orang asing maupun Warga Negara Indonesia dari dan ke wilayah Indonesia melalui Kota Balikpapan. Hal ini mencerminkan tingginya kesejahteraan dan taraf hidup warga Kota Balikpapan dan sekitarnya, sehingga Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan memiliki peranan penting dalam memberikan pelayanan penerbitan paspor bagi Warga Negara Indonesia untuk melakukan perjalanan lintas negara

Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan yang memiliki lokasi strategis di Jl. Jenderal Sudirman No. 1, Klandasan Ulu, Balikpapan merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang berada di bawah Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Kalimantan Timur.

Dalam rangka meningkatkan pelayanan prima kepada masyarakat sekitar Kota Balikpapan, gedung Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan sudah mengalami banyak perbaikan dan renovasi. Di tahun 2017 gedung Kantor Imigrasi Balikpapan dibangun kembali pada lokasi yang sama, sehingga kegiatan pelayanan Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan pindah sementara di Jalan Mulawarman No 92, Sepinggan, Balikpapan. Bertepatan dengan Hari Bhakti Imigrasi ke-71 pada tanggal 26 Januari 2021, Gedung baru Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan diresmikan oleh Menteri Hukum dan HAM RI, Yasonna H. Laoly.

Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan dengan gedung yang baru terus berusaha untuk bebenah diri dalam peningkatan kualitas pelayanan publik bagi masyarakat, salah satunya dengan pemenuhan sarana dan prasarana penunjang pelayanan. Gedung Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan yang terdiri dari 6 lantai memiliki fasilitas yang memberikan kemudahan bagi masyarakat mulai dari ruang pelayanan yang nyaman, fasilitas ramah HAM bagi penyandang disabilitas hingga fasilitas-fasilitas lain yang memudahkan masyarakat dalam menggunakan layanan keimigrasian.